Institut Pasteur Courses

From neuron to behavior

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About the course / À propos du cours Brain function determines our behavior and dictates who we are. Our brain function governs our every thoughts and every action. The brain processes information through the concerted activity of many neurons, which communicate with each other through contacts we call synapses organized in highly dynamic networks. In this course, we are taking a bottom up approach to studying the brain, starting from molecules to end with behaviors and mental disorders. La fonction cérébrale détermine notre comportement et nous façonne. Elle contrôle chacune de nos pensées et actions. Le cerveau traite l’information à travers l’activité concertée de nombreux neurones, qui communiquent les uns avec les autres grâce à des contacts appelés synapses, organisés en réseaux extrêmement dynamiques. Dans ce cours, nous étudierons le cerveau, en commençant par les molécules et nous terminerons sur les comportements et troubles mentaux. Understanding how the brain works is one of the greatest remaining mysteries that challenge mankind. This challenge is so huge that some people even think that it will never be possible to really understand how the brain functions. But modern neuroscience is making remarkable progress, so intense that we can feel to be part of a scientific revolution to a similar extent than the Copernican Revolution or Darwinian Revolution. Comprendre le cerveau reste l’un des grands défis de l’Homme. Un défi si grand que certaines personnes le pensent impossible. Cependant, la neuroscience moderne continue de faire des progrès remarquables, tels qu’on pourrait se trouver au cœur d’une révolution scientifique similaire aux révolutions copernicienne ou darwinienne. Brain and behavior are inextricably linked in neuroscience. The function of the brain is to govern behavior, and the aim of this course is to causally link brain development to brain functions and their related behaviors. The brain processes information through the concerted activity of many neurons, which communicate with each other through synapses organized in highly dynamic networks. Pour la neuroscience, le cerveau et le comportement sont inévitablement liés. Le rôle du cerveau est de contrôler le comportement, et l’objectif de ce cours est de montrer le lien de causalité entre le développement du cerveau, la fonction cérébrale et les comportements qui en résultent. The course is devoted to describe how the brain develops and then functions to perceive the external world and learn from our experiences. Thus, this course aims for a causal and mechanistic explanation of brain functions that depend on two key players: the external world of course but also our internal states, of which the microbiota is an important component.Ce cours s’attachera à décrire comment le cerveau se développe puis agit pour percevoir le monde extérieur et apprendre de nos expériences. Ce cours vise alors à apporter une explication sur les causes et la mécanique des fonctions cérébrales qui dépendent de deux éléments clé : le monde extérieur bien sûr, mais aussi nos états internes, dont le microbiote est un composant important. Goals / Objectifs The first goal of the course is to gain a detailed understanding of the structure and function of the fundamental building blocks of the mammalian brain. Le premier objectif de ce cours est de comprendre en détails la structure et la fonction des blocs de construction du cerveau reptilien. The second goal is to understand how a given neural stem cell could give raise to fully organized brain circuits. Le deuxième objectif est de comprendre comment une cellule souche neurale peut donner naissance à des circuits entièrement organisés. The third goal is to bring you to the fascinating world into which groups of neurons work together as interconnected neural cells. Le troisième objectif est de vous faire voyager dans un monde fascinant où les neurones fonctionnent ensemble comme cellules neurales interconnectées. The fourth goal is to approach neuronal disorders as consequences of brain circuit dysfunctions. We are going to consider what happens when the brain goes wrong with dramatic consequences for the individual and society as a whole.Le quatrième objectif sera d’aborder les troubles neuronales comme les conséquences de dysfonctionnements du circuit cérébral. Nous verrons ce qu’il arrive lorsque le cerveau ne fonctionne plus correctement et les graves conséquences sur l’individu et la société entière. The fifth goal places the brain inside a body interacting both with the external world and the internal state. Le cinquième objectif est de mettre en contexte le cerveau dans un corps qui interagit à la fois avec le monde extérieur et l’état interne. Format Each week of the course consists of four video-lectures, each lasting from 10 to 15 minutes. / Chaque semaine consiste en une série de 4 vidéos de cours. Chaque vidéo dure 10 à 15 min.

Vaccinology

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About this MOOC/ À propos de ce MOOC Vaccines are among the most effective public health interventions currently available. Smallpox has been eradicated and polio has almost disappeared worldwide through global vaccine campaigns. Most of the viral and bacterial infections that traditionally affected children have been drastically reduced thanks to national immunization programs in developed countries. Together with antibiotics and clean water, vaccines have increased life expectancy in both high- and low-income countries by eliminating many of the diseases that historically killed millions. It has been estimated that vaccines will have saved ~25 million deaths over 10 yr from 2010 to 2020, which is equivalent to five lives saved per minute. In terms of cost-effectiveness, it is estimated that $1 invested in vaccination results in a $10–44 healthcare saving. In spite of the success of vaccination in preventing disease and its cost-effectiveness, several challenges remain such as increasing the diversity of the target populations by developing vaccines efficient in pregnant women who will protect their babies at early life, and in the elderly displaying a less efficient immune system to be primed. Besides preventing infectious diseases, a few examples of already available vaccines preventing virus-induced cancers, such as liver cancer due to the hepatitis B virus or cervical cancers due to papilloma viruses, pave the way for further development of anti-cancer vaccines. Recent advances in technology to identify the key antigens to induce efficient protective immunity and large-scale analysis of human immune responses offer to revisit the future of vaccine development in a more global health perspective, taking also into consideration the implementation of new sustainable models for the developing world. This course aims at covering all these aspects to give an overview of the discipline. Les vaccins sont parmi les interventions de santé publique les plus efficaces actuellement disponibles. La variole a été éradiquée et la poliomyélite a presque disparu dans le monde grâce aux campagnes mondiales de vaccination. La plupart des infections virales et bactériennes qui affectaient traditionnellement les enfants ont été considérablement réduites grâce aux programmes nationaux de vaccination dans les pays développés. Associés aux antibiotiques et à l'eau potable, les vaccins ont augmenté l'espérance de vie dans les pays à revenu élevé et à faible revenu en éliminant de nombreuses maladies qui ont tué des millions de personnes. On estime que les vaccins auront évité environ 25 millions de décès sur 10 ans de 2010 à 2020, ce qui équivaut à cinq vies sauvées par minute. En termes de rentabilité, on estime que 1 $ investi dans la vaccination se traduit par une économie de 10 à 44 $ en soins de santé. Malgré le succès de la vaccination dans la prévention des maladies et la démonstration de son efficacité par rapport aux coûts, plusieurs défis restent à relever tels que l'augmentation de la diversité des populations cibles, en développant des vaccins efficaces chez les femmes enceintes qui protégeront leurs bébés en bas âge, et chez les personnes âgées présentant un système immunitaire moins facile à stimuler. Outre la prévention des maladies infectieuses, quelques exemples de vaccins déjà disponibles, prévenant les cancers induits par le virus, tels que le cancer du foie dû au virus de l'hépatite B ou les cancers du col utérin dus aux virus du papillome, ouvrent la voie à la poursuite du développement de vaccins anticancéreux. Les progrès récents de la technologie pour identifier les antigènes clés pour induire une immunité protectrice efficace et l'analyse à grande échelle des réponses immunitaires chez l'homme permettront de réexaminer l'avenir du développement de vaccins dans une perspective de santé plus globale, en prenant également en considération la mise en œuvre de nouveaux modèles durables pour le monde en développement. Ce cours vise à couvrir tous ces aspects pour donner un aperçu de la discipline.

Essais cliniques dans les maladies infectieuses et tropicales

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À propos de ce MOOC/About this MOOCSi la recherche clinique s’est développée depuis de nombreuses années dans les pays du Nord, elle prend une importance de plus en plus grande dans les pays à ressources limitées. En effet, au-delà de pathologies communes, des pathologies spécifiques comme les maladies infectieuses et tropicales, obligent à conduire des essais adaptés au contexte des pays à ressources limitées. Par exemple, certaines pathologies n’existent à large échelle que dans ces régions comme la dengue, le paludisme, la bilharziose ou la maladie de Chagas.… De plus, des réévaluations de stratégies thérapeutiques ou vaccinales validées au nord sont nécessaires pour leur application au Sud. Dans tous les cas, ces essais doivent répondre aux critères internationaux d’éthique et de qualité. L’objectif général de ce MOOC est de donner aux professionnels, aux étudiants et aux chercheurs travaillant dans le domaine des Sciences de la Vie et de la Santé, les bases théoriques et pratiques qui leur permettront de concevoir des essais cliniques répondant à ces critères. Cet enseignement qui s’adresse à tous les domaines de la santé aborde les aspects plus spécifiquement liés aux pays à ressources limitées. Ce MOOC, organisé par l'Institut Pasteur de Paris en collaboration avec les partenaires impliqués dans des essais (Institut de Recherche pour le Développement -IRD, Drugs for Neglected Diseases initiative -DNDi, etc…), donne les bases théoriques de l’investigation clinique et des exemples d’essais réalisés dans les pays à ressources limitées. Sont abordés : i) Les grands principes des essais cliniques ainsi que les nouvelles méthodologies utilisées sur des populations spécifiques ou dans des situations d’urgence (Méthodes adaptatives, type essais séquentiels..) et les méthodes spécifiques aux essais d’intervention (essais communautaires), ii) L’éthique de la recherche clinique : définitions conceptuelles et opérationnelles de l’Ethique de la recherche et leurs implications dans différentes situations, iii) Les Bonnes Pratiques Cliniques, règles éthiques garantissant la protection et le droit des personnes et celles régissant les collections biologiques et les banques de données, iv) Les aspects réglementaires et juridiques (description des différents acteurs et de leurs responsabilités). Enfin, des exemples d’essais dans des domaines très variés comme le VIH, la tuberculose, la malnutrition, le paludisme, les vaccins …viennent illustrer tous ces aspects. Although clinical research has been developed for many years in Northern countries, it is becoming increasingly important in low and middle-income countries (LMICs). Indeed, beyond the most common illnesses, infectious and tropical diseases necessitate trials that are adapted to LMIC contexts. For example, some diseases, such as dengue, malaria, schistosomiasis or Chagas disease, occur on a large scale in these regions… In addition, we need to re-evaluate therapeutic or vaccine strategies that have been implemented in the North to ensure that these strategies apply equally in the South. These trials must also meet international ethical and quality standards. The general objective of this MOOC is to give health professionals, students and researchers the theoretical and practical bases which will allow them to design clinical trials that meet these criteria. This MOOC, which covers all areas of health, focuses specifically on resource-limited countries. This MOOC, created by the Institut Pasteur in Paris in collaboration with partners involved in clinical trials (Institute of Research for Development -IRD, Drugs for Neglected Diseases initiative -DNDi, etc.), provides the theoretical bases for the clinical investigation and examples of trials in resource-limited countries. This MOOC includes: i) The main principles of clinical trials, as well as new methodologies used on specific populations or in emergency situations (Adaptive methods, sequential trials ...) and methods specific to intervention trials (clustered trials); ii) The ethics of clinical research: conceptual and operational definitions of research ethics and their involvement in various situations; iii) Good clinical practices, ethical rules guaranteeing the protection and the rights of individuals and those governing biological collections and database; and iv) Regulatory and legal aspects (description of the different actors and their responsibilities). Finally, to illustrate these different aspects of clinical trials, we will give some examples of trials, such as HIV, tuberculosis, malnutrition, malaria, and vaccines.

Microbes and Brain

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About the course / A propos du cours Historically, microbes were considered as potential threats that could be harmful to us, in particular to our brain, considered for long as a privileged organ, particularly sensitive to infections and inflammation. However, our vision of the microbial world has evolved and we are now paying more and more attention to this world that is intimately living within us and may be beneficial for our health: our microbiota. Indeed, billions of bacteria, viruses and fungi are living within us, in particular in our gut that harbors the biggest amount of microbes with which we cohabit. The microbiota could be considered as an organ that we acquire at birth, keeping it for life, with tremendous potential to influence our physiology as it represents 150 times more genes than our own genome. Actually, we all are a walking ecosystem made of eukaryotic human cells, prokaryotic cells (bacteria and archeae) and viruses that coexist and communicate. Even though research focused initially on the influence of our microbiota on immunity and metabolism, more and more evidence suggest that these microbes impact many different brain functions and could be potentially involved in several neuropathologies. Finally, our gut harbors also the second most important population of neurons after the central nervous system: the enteric nervous system. In this MOOC, we will cover all the aspects of the interactions between microbes and the nervous system, starting from an infectious perspective to explore the role of our microbiota in brain functions and potentially neurologic disorders. All along the chapters, you will see how microbes, historically thought as harmful threats, are actually constantly shaping who we are by communicating with our brain.Historiquement, les microbes étaient perçus comme une menace pour l’homme, en particulier pour notre cerveau, longtemps considéré comme un organe privilégié, particulièrement sensible aux infections et à l'inflammation. Cependant, notre vision du monde microbien a évolué et nous accordons de plus en plus d'attention au monde microbien qui vit intimement avec nous et peut être bénéfique pour notre santé : notre microbiote. En effet, des milliards de bactéries, de virus et de champignons vivent constamment avec nous, en particulier dans notre intestin, qui héberge la plus grande partie des microbes avec lesquels nous cohabitons. Le microbiote peut être considéré comme un organe à part entière: nous l’acquérons à la naissance, le conservons toute notre vie et son influence sur notre physiologie est considérable puisqu’il représente 150 fois plus de gènes que notre génome humain. En réalité, nous sommes tous un écosystème ambulant, constitué de cellules humaines eucaryotes, de cellules procaryotes (bactéries et archées) et de virus qui coexistent et communiquent. Bien que les recherches se soient concentrées initialement sur l’influence de notre microbiote sur l’immunité et le métabolisme, de plus en plus d’éléments suggèrent que ces microbes peuvent également influencer notre fonctionnement cérébral et ainsi être potentiellement impliqués dans plusieurs pathologies neurologiques. Enfin, nos intestins hébergent également la deuxième population de neurones la plus importante après le système nerveux central : le système nerveux entérique. Dans ce MOOC, nous aborderons tous ces aspects des interactions entre les microbes et le système nerveux, d’abord d’une perspective infectieuse pour ensuite explorer le rôle de notre microbiote dans les fonctions cérébrales et potentiellement les troubles neurologiques. Tout au long de ce MOOC, vous verrez comment les microbes, considérés historiquement comme dangereux, façonnent en permanence ce que nous sommes en communiquant avec notre cerveau. Format / Format This MOOC is organized in 5 weeks. Each week is composed of 4 to 6 sequences. In each sequence, you find a 10 minute video and a multiple choice test to help students check their understanding. The videos are in English subtitled in French and in English. All the tests are in English. Ce MOOC est composé de 5 semaines d’enseignement. Chaque semaine comporte 4 à 6 séquences. Chaque séquence se compose d’une vidéo de 10 minutes et d’un QCM afin que les étudiants testent leurs connaissances. Les vidéos sont en anglais sous-titrées en français et en anglais. Tous les tests sont en anglais.

Viruses and human cancers

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About this MOOC/ À propos de ce MOOC About 20% of human cancers are induced by viruses, particularly in low/middle income countries, to a point that in some regions of the world, viral infection is the main etiology of human cancers. Our understanding of the relationship between viral infection and oncogenesis has considerably improved during the last two decades. As obligatory intracellular parasites, viruses encode proteins that reprogram host cellular signaling pathways that control proliferation, differentiation, cell death, genomic integrity, and recognition by the immune system. Both DNA and RNA viruses have been linked with human cancers. Epstein-Barr virus, papillomaviruses, hepatitis B virus, human herpesvirus-8 and Merkel cell polyomavirus are the five DNA viruses that are capable of causing the development of human cancers. Human T lymphotrophic virus type 1 and hepatitis C virus are the two RNA viruses that contribute to human cancers. Treatment and prevention strategies critically depend on the double understanding of the mechanism of cell tumorigenesis and the way they are influenced by viruses. During this MOOC, we will review the different mechanisms of virus induced carcinogenesis, from direct integration of the virus in the genome to non-specific inflammation and immune disorders. The epidemiology and specificity of each type of virus and of the induced tumor will then be given in detail. At the end we will report innovations in the prevention of virus induced tumors. Près de 20 % des cancers sont induits par une infection virale. Ce pourcentage est particulièrement élevé dans les pays à faible/moyens revenus, au point que dans certaines régions du monde, les infections virales sont les premières causes de cancers. La compréhension des relations entre l’infection virale et la carcinogenèse a beaucoup progressé au cours des deux dernières décennies. En tant que parasites intracellulaires obligatoires, les virus codent pour des protéines qui reprogramment les voies de signalisation cellulaires de l'hôte contrôlant ainsi la prolifération, la différenciation, la mort cellulaire, l'intégrité du génome et la reconnaissance par le système immunitaire. Les virus à ADN et ARN sont lié avec les cancers humains. Le virus Epstein-Barr, les papillomavirus, le virus de l’hépatite B, l’herpèsvirus humain 8 et le polyomavirus de Merkel sont les 5 virus impliqués dans le développement de cancers humains. Le virus T-lymphotropique humain et le virus de l’hépatite C sont les deux virus à ARN associés avec les cancers humains. Le développement de nouvelles stratégies de traitement et de prévention dépend essentiellement de la compréhension du mécanisme de la tumorigenèse cellulaire et de la manière dont ils sont influencés par les virus. Dans ce MOOC, nous envisagerons les différents mécanismes de la cancérogenèse viro-induite, depuis l’intégration du virus dans le génome de l’hôte jusqu’aux facteurs indirects de carcinogenèse tels que l’inflammation et les modifications immunitaires. L’épidémiologie des virus impliqués et des tumeurs viro-induites seront ensuite décrites pour chaque type de virus. Nous envisagerons enfin les facteurs de progrès dans la prévention. Format This MOOC is organized in 7 chapters : 1. Mechanisms of virus-induced oncogenesis: direct 2. Mechanisms of virus-induced oncogenesis: indirect 3. Retroviruses 4. Papillomaviruses 5. Hepatitis B and C viruses and hepatocellular carcinoma 6. Herpes viruses 7. Prevention and vaccination Each chapter is composed of 2 to 6 sessions. In each session, you will find a 8 to12-minute video and a multiple choice test to help you check your understanding. The videos are in English and are subtitled in French and in English. Ce MOOC est organisé en 7 chapitres : 1. Mécanismes de la carcinogenèse viro-induite : directs. 2. Mécanismes de la carcinogenèse viro-induite : indirects 3. Rétrovirus. 4. Papillomavirus. 5. Virus de l’hépatite B et de l’hépatite C et carcinome hépatocellulaire. 4. Herpèsvirus. 6. Prévention et vaccination. Chaque module est composé de 2 à 6 sessions. Chaque session comporte une vidéo de 8 à 12 minutes et un test à choix multiples pour vous aider à valider votre compréhension. Les vidéos sont en anglais sous-titrées en français et en anglais.

Innate Immunity

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About the course / A propos du cours More than a century ago, Elie Metchnikoff established the bases of cellular innate immunity when he discovered the mechanism of phagocytosis. However, during most of the XXth century, adaptive immunity (also known as specific immunity) focused most of the interest of the researchers, until Charles Janeway and Polly Matzinger revisited the definition of immunology. What was called “non-specific immunity” was renamed “innate immunity”, and the understanding of the sensing of the exogenous or endogenous dangers signals, and their identification revolutionized our understanding of the early mechanism aimed to defend the integrity of the host against any type of attacks including pathogens. Nowadays, how bacteria, viruses, parasites and fungi are sensed by the infected host, have been mostly deciphered. Similarly, the mechanisms of the host involved to defend its integrity against infectious process have been decoded. This MOOC describes the players and the whole orchestra involved in innate immunity against pathogens. Les bases de l’immunité innée ont été établies, il y a plus d’un siècle, par Elie Metchnikoff lorsqu’il a découvert le mécanisme de la phagocytose. Cependant, pendant la plus grande partie du 20ème siècle, c’est l’immunité adaptative (également connue sous le nom d’immunité spécifique) qui concentra l’intérêt des chercheurs, jusqu’à ce qu’Charles Janeway et Polly Matzinger revoient la définition de l’immunologie. Ce qui était alors appelé «immunité non spécifique» fut renommé «immunité innée». Et la compréhension de ce que signifiaient les signaux de danger exogènes et endogènes, ainsi que leur identification fut une révolution aidant à comprendre les premiers mécanismes de défense de l’hôte contre tous types d’agression, y compris par des pathogènes. De nos jours, les chercheurs ont réussi à déchiffrer en grande partie la façon dont l’hôte infecté réagit aux bactéries, virus, parasites et champignons. Ils ont également décodé les mécanismes de l’hôte impliqués dans la défense de son intégrité contre les mécanismes infectieux. Ce MOOC décrira les différents acteurs ainsi que l’ensemble de l’orchestre impliqués dans l’immunité innée contre les pathogènes.

HIV Science

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About this MOOC/ À propos de ce MOOC Since the start of the epidemic HIV has infected over 75 million people and provoked more than 35 million deaths. Today, although HIV replication can be controlled by antiretroviral treatment, HIV infection remains an outstanding global health issue, with 36.7 million infected people and 1 million HIV-related deaths in 2016, according to WHO. Half of the infected population does not have access to antiretroviral treatment and 2 million new infections are registered every year. In addition there is currently no cure for HIV and antiretroviral treatment needs to be maintained for life. In this MOOC we will review different aspects of HIV infection: from its biological origin and its identification as the causative agent of AIDS to the perspectives of eradication. We will summarize the status of the HIV epidemic in the world from the perspective of the virus (molecular diversity) and the host (populations). We will focus a large part of the course on the latest discoveries on the complex interactions between the virus and the host cell, the immune mechanisms that are set in motion to tackle the virus and how HIV is able to evade them. We will describe exceptional individuals who have developed efficient mechanisms to control the infection and animal models of spontaneous protection. Finally, we will address research issues with regard to clinical management of HIV infection and future perspectives on treatment and prevention. Altogether, this MOOC will provide a transversal insight into HIV research with the perspective of both scientists and clinicians.Depuis le début de l'épidémie, le VIH a infecté plus de 75 millions de personnes et provoqué plus de 35 millions de décès. Aujourd'hui, bien que la réplication du VIH puisse être contrôlée par un traitement antirétroviral, l'infection par le VIH reste un problème de santé mondial majeur, avec 36,7 millions de personnes infectées et 1 million de décès liés au VIH en 2016, selon l'OMS. La moitié de la population infectée n'a pas accès aux traitements antirétroviraux et 2 millions de nouvelles infections sont enregistrées chaque année. En outre, il n'existe actuellement aucun traitement curatif contre le VIH et les traitements antirétroviraux doivent être pris à vie. Dans ce MOOC, nous examinerons différents aspects de l'infection par le VIH: de son origine biologique et son identification en tant qu'agent causal du SIDA aux perspectives d'éradication. Nous présenterons l'état de l'épidémie de VIH dans le monde du point de vue du virus (diversité moléculaire) et de l'hôte (populations). Nous accorderons une large attention aux dernières avancées scientifiques sur les interactions complexes entre le virus et la cellule hôte, les mécanismes immunitaires qui sont mis en œuvre pour contrer le virus et comment le VIH est capable d’y échapper. Nous décrirons des individus exceptionnels qui ont développé des mécanismes efficaces pour contrôler l'infection et des modèles animaux de protection spontanée. Enfin, nous aborderons les problèmes de recherche en matière de prise en charge clinique de l'infection par le VIH et les perspectives en matière de traitement et de prévention. En résumé, ce MOOC constitue un aperçu transversal de la recherche sur le VIH du point de vue des scientifiques et des cliniciens. Format This MOOC is organized in 6 chapters : 1. Origin, Epidemiology and Natural history of HIV infection. 2. Mechanisms of HIV replication and dissemination. The establishment of viral reservoirs. 3. HIV and the immune system. 4. Physiopathology of HIV infection. 5. Clinical management. 6. Perspectives and future challenges. Each module is composed of 5 sessions. In each session, you will find a 8-10-minute video and a multiple choice test to help you check your understanding. The videos are in English subtitled in French and in English. Ce MOOC est organisé en 6 chapitres : 1. Origine, épidémiologie et histoire naturelle de l'infection VIH 2. Mécanismes de réplication et de dissémination du VIH. La formation de réservoirs viraux. 3. Le VIH et le système immunitaire. 4. Physiopathologie de l'infection VIH. 5. Prise en charge clinique. 6. Perspectives et défis futurs. Chaque module est composé de 5 sessions. Chaque session comporte une vidéo de 8 à 10 minutes et un test à choix multiples pour vous aider à valider votre compréhension. Les vidéos sont en anglais sous-titrées en français et en anglais.

Malaria

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About the course / /À propos du cours Malaria has plagued humans through history. References to malaria are found in ancient texts from China and India that date as far back as 2000 BC . Malaria remains a major public health problem in many low and middle-income countries in the tropics. In 2018, WHO estimates that the disease caused around 228 million cases of febrile attacks and 405,000 deaths, primarily in sub-Saharan Africa. Malaria is caused by a unicellular parasite called Plasmodium, of which five species infect humans: Plasmodium falciparum, P. vivax, P. malariae, P. ovale and P. knowlesi; P. falciparum is the most pathogenic and P. vivax is the most widespread over the globe. While the intensive application of currently available malaria control tools has greatly reduced malaria transmission in endemic regions over the past decade, the possibility of malaria elimination in highly endemic regions remains a distant goal. A clear understanding of the basic biology of malaria parasites and its interactions with both the human host and mosquito vector is needed to develop novel tools that can play a major role in the effort to control and eventually eliminate malaria. The objective of this MOOC is to provide participants with a glimpse of the wide range of disciplines involved and questions addressed in malaria research. It goes from basic cell and molecular biology of malaria parasites and its different life cycle stages to field and hospital-based clinical research on malaria pathology. It covers the application of the latest genomics-based technologies to investigate parasite biology to translational research on development of new control tools, including drugs and vaccines. It also deals with malaria epidemiology and clinical research, to better understand malaria as a public health problem. Le paludisme a affecté les hommes à travers l’histoire. L’on trouve ainsi des références au paludisme dans d’anciens textes de Chine ou d’Inde datant de 2000 avant Jésus-Christ. Le paludisme demeure aujourd'hui un problème majeur de santé publique dans de nombreux pays à faibles et moyens revenus en zone tropicale. En 2018, l’OMS estime à 228 millions le nombre de cas de paludisme, ayant entraîné 405 000 décès, principalement en Afrique subsaharienne. Le Paludisme est causé par un parasite unicellulaire appelé Plasmodium, dont cinq espèces infectent l’homme : Plasmodium falciparum, P. vivax, P. malariae, P. ovale and P. knowlesi, Plasmodium falciparium étant le plus pathogène et plasmodium vivax le plus répandu. Bien que l’utilisation intensive des outils de contrôle du paludisme aujourd'hui disponibles ait permis une réduction considérable de la transmission du paludisme dans les régions endémiques au cours de la dernière décennie, l’élimination du paludisme dans les régions hautement endémiques demeure un objectif lointain. Une bonne compréhension de la biologie fondamentale des parasites du paludisme et de leurs interactions avec l’hôte humain et le vecteur moustique est nécessaire pour développer de nouveaux outils susceptibles de jouer un rôle majeur pour le contrôle et à terme l’élimination du paludisme. L’objectif de ce MOOC consiste à fournir aux apprenants un aperçu du vaste panel de disciplines impliquées et des questions étudiées dans la recherche sur le paludisme. Ce MOOC va de la biologie moléculaire et cellulaire du parasite et de ses différents cycles de vie à la recherche clinique sur le terrain et à l’hôpital sur la maladie. Il traite de l’utilisation des dernières technologies génomiques pour étudier la biologie du parasite, mais également de la recherche translationnelle pour le développement de nouveaux outils de contrôle, y compris les médicaments et les vaccins. Il présente également l’épidémiologie du paludisme et la recherche clinique, pour mieux comprendre le paludisme en tant que problème de santé publique. Enrollement types/Formules d'inscription To follow this course, you have the choice between two formulas. The DISCOVERY path gives you access to videos, quizzes and exchanges in the forum. Additionnaly, the QUALIFYING path gives you access to a qualifying exam. Pour suivre ce cours, vous avez le choix entre deux formules. Le parcours DECOUVERTE vous donne accès aux vidéos, quiz et échanges sur le forum. De plus, le parcours QUALIFIANT vous donne accès à un examen certifiant. Discovery pathIf you opt for this path, you will have access to the videos, the quizzes and the exchanges in the forum. For this path, no certificate will be delivered. The registration is free. Qualifying path In addition to the activities offered in the DISCOVERY path, the QUALIFYING formula will allow you to obtain a certificate in the form of a "certificate". To do this, you will have to take a exam, monitored remotely, lasting 1 hour, consisting of 30 multiple choice questions (MCQ) and obtaining 18 correct answers. The registration fee for the qualifying course is 150€. Obtaining a qualifying certification is an opportunity for you to obtain a diploma. This course is one of the MOOCs of the Institut Pasteur's Digital Diploma in Infectious Diseases program (DNM2IP). For more information, see the Institut Pasteur web page, dedicated to this new diploma. Parcours DécouverteSi vous optez pour ce parcours, vous aurez accès aux vidéos, aux quiz et aux échanges dans le forum. Ce parcours ne donnera pas lieu à la délivrance d'une attestation. L'inscription est gratuite. Parcours Qualifiant En complément des activités proposées dans le parcours DECOUVERTE, le parcours QUALIFIANT vous permettra d'obtenir un certificat. Pour cela, vous devrez suivre un examen surveillé à distance d’une durée d'une heure, consistant en 30 questions à choix multiples (QCM) et d'obtenir 18 bonnes réponses. Le prix de l’inscription au parcours qualifiant est de 150€. Obtenir une certification qualifiante est une opportunité pour vous d'obtenir un diplôme. En effet, ce cours est un des MOOCs du programme du Diplôme Numérique des Maladies Infectieuses de l'Institut Pasteur (DNM2IP). Pour en savoir plus, consultez la page web de l'Institut Pasteur, dédiée à ce nouveau diplôme. Certificate and attestation of follow-up /Certificat et attestation de suivi Please note, only the "Qualifying" path gives the right to a qualifying certification issued by Fun and the Institut Pasteur. There will be no certificate of follow-up, neither for the "Discovery" path, nor for the "Qualifying" path. Attention, seul le parcours "Qualifiant" donne droit à une certification qualifiante délivrée par Fun et l'institut Pasteur. Par ailleurs, il n'y aura pas d'attestation de suivi, ni pour le parcours "Découverte", ni pour le parcours "Qualifiant". Format/Format This MOOC is organized in 6 weeks. Each week is composed of 5 sessions. Each session includes a short video and 2 multiple choice questions in English to help you test your understanding. There are multiple choice questions in English at the end of each chapter. The videos are in English, subtitles in English and French are provided. A certification exam (in English or in French) is accessible only for students registered to the “qualifying path”. Ce MOOC est organisé selon un format de six semaines. Chaque semaine est composée de 5 cours. Chaque cours comprend une vidéo d’environ dix minutes ainsi que deux questions à choix multiples en anglais, permettant aux participants de tester leur compréhension. Les vidéos sont en anglais, sous-titrées en français et en anglais. A la fin de chaque chapitre, des questions à choix multiple en anglais vous seront posées. Un examen de certification (en français ou en anglais) est proposé aux étudiants inscrits au parcours qualifiant. Target audience/ Public ciblé This MOOC is aimed at people interested in malaria and in understanding the complex biology of malaria parasites, how they cause the disease and how one can try to develop new tools including drugs and vaccines to combat it. Ce MOOC s’adresse aux personnes intéressées par le paludisme et souhaitant mieux comprendre la biologie complexe des parasites du paludisme, comment ils provoquent la maladie et comment on peut essayer de développer de nouveaux outils, y compris des médicaments et des vaccins pour la combattre. Requirements/Pré-requis We recommend a good scientific background (such as a bachelor of life science). Un bon niveau scientifique est recommandé pour suivre ce MOOC (licence en Sciences de la Vie). The teaching team / Les enseignants Chetan Chitnis, director Chetan CHITNIS received his Ph.D. in Biophysics from the University of California, Berkeley in 1990 and conducted post-doctoral research on malaria at the National Institutes of Health, Bethesda from 1990 to 1995. He returned to India in 1995 to work at the International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology (ICGEB) where he established a highly successful group working on basic and translational research on malaria. In 2014, he joined the Institut Pasteur, Paris as Professor in the Department of Parasites and Insect Vectors where he currently heads the Malaria Parasite Biology and Vaccines Unit. His research unit studies the molecular mechanisms that enable malaria parasites to invade host erythrocytes and uses this information to develop vaccines and identify novel drug targets. Chetan Chitnis a obtenu son doctorat de Biophysique de l’Université de Berkeley en 1990 et a travaillé sur le paludisme lors de son post-doctorat aux National Institutes of Health à Bethesda, de 1990 à 1995. Il retourne en Inde en 1995 pour travailler au Centre international de génie génétique et de biotechnologie (International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology - ICGEB), où il établit un groupe de recherche fondamentale et translationnelle sur le paludisme, couronné de succès. Il rejoint en 2014 l’Institut Pasteur en tant que Professeur au sein du Département Parasites et Insectes vecteurs, où il dirige l’unité Biologie du plasmodium et Vaccins. Son unité étudie les mécanismes moléculaires qui permettent aux parasites du paludisme d’envahir les érythrocytes hôtes et utilise ces informations pour développer des vaccins et identifier de nouvelles cibles thérapeutiques Matthias Wagner, community manager After completing my Bachelor’s in Biochemistry at the Freie Universität in Berlin, I studied parasitology at the University of Cape Coast in Ghana for one semester. Experiencing the burden of malaria in the daily life had a big impact on me. Consequently, I decided to focus on malaria research in my consecutive biochemical Master’s program in Berlin. After several lab rotations in malaria labs, I finally joined lab of Chetan Chitnis at the Institut Pasteur, Paris, for both my Master’s thesis and PhD thesis. I am currently in the 4th year of the PhD. My main interest are oxidative stress management during the blood stage of the malaria parasite life cycle. Après avoir réalisé une Licence de biochimie à la Freie Universität de Berlin, j'ai étudié la parasitologie à l'Université de Cape Coast au Ghana durant un semestre. Découvrir le poids que représente le paludisme dans la vie quotidienne eut un impact important pour moi. C’est pourquoi j’ai décidé de consacrer mon Master en biochimie à la recherche sur le paludisme à Berlin. Après plusieurs passages dans différents laboratoires axés sur la lutte contre le paludisme, j'ai finalement rejoint le laboratoire de Chetan Chitnis à l'Institut Pasteur (Paris), pour y réaliser mon Master et mon PhD. Je suis actuellement en 4e année de thèse. Mon intérêt principal porte sur la gestion du stress oxydatif pendant la phase sanguine du cycle de vie de Plasmodium, l’agent du paludisme. With the participation of / Avec la participation de Ivo MUELLER, Institut Pasteur, Paris Pierre BUFFET, Institut National de Transfusion Sanguine (INTS), Paris Sandrine HOUZÉ, Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (APHP), Paris Olivier SILVIE, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris Catherine LAVAZEC, Institut Cochin, Paris Benoit GAMAIN, Institut National de Transfusion Sanguine (INTS), Paris Frédéric ARIEY, Hôpital Cochin, Paris Sabine THIBERGE, Institut Pasteur, Paris Aditi ALAGANAN, Institut Pasteur, Paris Robert MENARD, Institut Pasteur, Paris Jose-Juan LOPEZ RUBIO, Université de Montpellier Fréderic GAY, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris Didier MENARD, Institut Pasteur, Paris Gordon LANGSLEY, Institut Cochin, Paris Amy BEI, Institut Pasteur, Dakar Odile PUIJALON, Institut Pasteur, Paris Catherine BOURGOUIN, Institut Pasteur, Paris Ken VERNICK, Institut Pasteur, Paris Vincent ROBERT, Institut de Recherche pour le Developpement, Montpellier Course syllabus / Plan du cours Week 1: History, Epidemiology and clinical presentation of malaria / Historique, épidémiologie et présentation clinique du paludisme 1. History of malaria and malaria control / Histoire et contrôle du paludisme 2. Epidemiology of malaria / Épidémiologie du paludisme 3. Clinical presentation of malaria / Présentation clinique du paludisme 4. Pathophysiology of malaria / Physiopathologie du paludisme 5. Malaria diagnosis / Diagnostic du paludisme Week 2: Life cycle and cellular biology of Plasmodium / Cycle de vie et biologie cellulaire du plasmodium 6. Pre-erythrocytic phase (and zoite motility)/ Phase pré-érythrocytaire (et mobilité du zoïte) 7. Erythrocytic phase (and zoite invasion) / Phase érythrocytaire et invasion du zoïte 8. Sexual and mosquito phase / Phase sexuée du parasite dans le moustique 9. Cytoadherence and antigenic Variation / Cytoadhésion et variations antigéniques 10. Malaria in Pregnancy / Paludisme pendant la grossesse Week 3: Genome and molecular genetics/ Génome et génétique moléculaire 11. The Plasmodium genome and its expression / Le génome du plasmodium et son expression 12. Genomic techniques / Techniques de génomique 13. Parasite transfection / Transfection du parasite 14. Genome manipulation / Manipulation du génome 15. CRISPR-Cas9 / CRISPR-Cas9 Week 4: Immunity to and vaccines against malaria / Immunité et vaccins contre le paludisme 16. Immunity to Plasmodium/Immunité contre le plasmodium 17. Immune evasion/ Échappement immunitaire 18. Pre-erythrocytic stage vaccines / Les vaccins de l’étape pré-érythrocytaire 19. Blood stage vaccines / Les vaccins de l’étape sanguine 20. Transmission blocking vaccines / Les vaccins bloquant la transmission Week 5: Drugs against malaria / Médicaments contre le paludisme 21. Anti-malarial drugs / Les médicaments antipaludéens 22. Drug treatment and follow-up/ Traitement antipaludéen et suivi 23. Drug treatment and public health / Traitement antipaludéen et santé publique 24. Drug resistance / Résistance au traitement 25. Parasite metabolism and new drug targets / Métabolisme du parasite et nouvelles cibles thérapeutiques Week 6: Mosquitoes, Plasmodium vivax and malaria elimination / Moustiques, Plasmodium vivax et élimination du paludisme 26. Ecology of anopheline mosquitoes / Écologie du moustique anophèle 27. Vector control for malaria / Le contrôle des vecteurs du paludisme 28. Parasite dormancy and quiescence / Dormance et quiescence du parasite 29. The case of Plasmodium vivax / Le cas de Plasmodium vivax 30. Malaria elimination / Élimination du paludisme This MOOC was created by the Education Department of the Institut Pasteur. /Ce MOOC a été crée par le Département Enseignement de l'Institut Pasteur. This MOOC was realized with the support of the Fondation IPSEN, under the aegis of Fondation de France./ Ce MOOC a été réalisé grâce au soutien de la Fondation IPSEN, sous l'égide de la Fondation de France. Social media / Réseaux sociauxTwitter MOOC Pasteur Facebook MOOC Pasteur Terms of use of the course/ Conditions d’utilisation du contenu du cours Attribution - No Commercial Use - No Modification BY-NC-ND Creative Commons License: users have to mention the writer’s name, they can tap that work except in a trade context, and they can not change the original work. Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification Cette licence est la plus restrictive des six licences principales, n’autorisant les autres qu’à télécharger vos œuvres et à les partager tant qu’on vous crédite en citant votre nom, mais on ne peut les modifier de quelque façon que ce soit ni les utiliser à des fins commerciales. Terms of use of the content produced by the students /Conditions d’utilisation des contenus produits par les participants All rights reserved/ Droits réservés Restrictive License: your own production comes under intellectual property and thus can not be reused. Licence restrictive : la production relève de la propriété intellectuelle de son auteur et ne peut donc pas être réutilisée.

Diagnosis and prognosis biomarkers in global health

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About This Course /A propos du cours Biomarkers are the subject of considerable interest by scientists and researchers worldwide: they determine the use of targeted treatments (a major therapeutic advance in medicine), allow to measure the evolution of a disease or to indicate a particular physiological event. After a period of enthusiasm, it is clear that the development of reliable biomarkers is long and complex and must respect rigorous methodological constraints. Due to the extraordinary development of genomics and proteomics and the exposure of the Institut Pasteur international network (IPIN) to emerging diseases, the Institut Pasteur is particularly well-positioned to study the interest of biomarkers for diseases diagnosis and prognosis in global health. The aim of this MOOC is to review the interest of biomarkers for public health, based in particular on the research activities of the thirty-three institutes of the Institut Pasteur international network. This MOOC is organized into four chapters. The first chapter introduces the subject and delas with the definition and methodological aspects of biomarkers; the second chapter, based on targeted examples (HIV, arbovirus, malaria, tuberculosis, etc.), focuses on the use of biomarkers in infectious diseases. The third chapter is dedicated to biomarkers in oncology. The fourth chapter sheds light on the use of biomarkers in the context of non-communicable diseases (rare diseases, Alzheimer's disease, liver disease, etc.). This MOOC revolves around two important points: first, the undeniable diagnostic, prognostic and / or therapeutic interest of biomarkers. At each stage of a patient’s care, from the diagnosis of a disease to its treatment, biomarkers are useful and make it possible to hope for a "personalized medicine". The second important point refers to the limits of most biomarkers: insufficient sensitivity or specificity; possible application to a subgroup of patients only, for a given pathology; short duration of their half-life, reducing their clinical relevance (due to the emergence of more effective biomarkers or therapeutic progress). Research on biomarkers remains essential to overcome these limitations, to define new combinations of different biomarkers and to optimize their performance and hence their use. We hope that this MOOC and the associated multiple-choice questions will clarify the use of bio-markers in tomorrow’s medicine and highlight both their advantages and limitations. Les biomarqueurs font l’objet d’un intérêt considérable de la part des scientifiques et des chercheurs du monde entier : ils conditionnent notamment l’utilisation des traitements ciblés, progrès thérapeutique majeur en médecine, permettent de mesurer l’évolution d’une maladie ou d’indiquer un évènement physiologique particulier. Après une période d’enthousiasme, force est de constater que le développement de biomarqueurs fiables est long et complexe et qu’il doit respecter des contraintes méthodologiques rigoureuses. Du fait de l’extraordinaire développement de la génomique et de la protéomique et de l’exposition du réseau international des instituts Pasteur à l’émergence de maladies nouvelles, l’Institut Pasteur et son réseau sont idéalement placés pour étudier l’intérêt des biomarqueurs pour le diagnostic et le pronostic des maladies dans le cadre de la santé globale. Ce MOOC a pour objectif de faire le point sur l’intérêt des biomarqueurs pour la santé publique, en s’appuyant notamment sur les activités de recherche des trente-trois instituts du Réseau International des instituts Pasteur. Ce MOOC est organisé en quatre chapitres : le premier introduit les définitions et les aspects méthodologiques des biomarqueurs ; le second propose, à partir d’exemples ciblés (VIH, arboviroses, paludisme, tuberculose, etc.) d’établir un état des lieux sur l’utilisation des biomarqueurs dans les maladies infectieuses ; le troisième chapitre s’intéresse aux biomarqueurs en oncologie ; le quatrième chapitre se concentre quant à lui sur l’utilisation des biomarqueurs dans le cadre des maladies non-transmissibles (maladies rares, Alzheimer, maladie du foie, etc.). Ce MOOC s’articule autour de deux points marquants : tout d’abord, l’indiscutable intérêt diagnostique, pronostique et/ou thérapeutique des biomarqueurs développés ou en cours d’identification. À chaque étape de la prise en charge d’un patient, du diagnostic d’une pathologie à son traitement, les biomarqueurs sont utiles et permettent d’espérer une « médecine personnalisée » pour demain. Le second point concerne les limites de la plupart des biomarqueurs : sensibilité ou spécificité perfectibles ; application à un sous-groupe de patients uniquement, dans une pathologie donnée ; faible durée de leur demi-vie (du fait de l’apparition de biomarqueurs plus performants ou par le progrès thérapeutique), réduisant leur pertinence clinique. La recherche sur les biomarqueurs demeure essentielle pour dépasser ces limites, définir de nouvelles combinaisons de différents biomarqueurs, optimiser leur performance et par-là même leur usage. Nous espérons que ce MOOC et les QCM associés clarifieront l’usage des biomarqueurs dans la médecine de demain, leurs forces et leurs limites.Format This MOOC is organized into 4 modules: general information on biomarkers, biomarkers in infectious diseases, biomarkers in oncology and biomarkers in metabolic and inflammatory diseases, followed by 2 short concluding sessions on future perspectives for biomarkers. For each module, the forum will be open for discussion. Ce MOOC est organisé en 4 modules : introduction et définition des biomarqueurs, biomarqueurs dans les maladies infectieuses, biomarqueurs en cancérologie et biomarqueurs dans les maladies métaboliques et inflammatoires, suivis de 2 courtes conclusions permettant de dresser des perspectives d’avenir. Pour chaque module, des discussions sont ouvertes sur le forum.

Advances in Stem Cell Biology

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About this MOOC/ À propos de ce MOOCStem cells have the spectacular ability to restore the function of damaged tissues, providing major opportunities for fundamental studies on organogenesis, regeneration, diseases, and ageing. In spite of intense research in this field, many unanswered questions remain regarding stem cell regulation and function. The Advances in Stem Cell Biology MOOC was created to provide an overview of stem cell biology, the properties of stem cells and their potential in directing organogenesis and regeneration in different organisms, and how they can be exploited for therapeutic purposes. During this MOOC you will learn about the characteristics and properties of stem cells, along with the latest discoveries in the field from general concepts to different categories of stem cells, and how they participate in organogenesis in the organism - and in vitro. Les cellules souches ont la capacité spectaculaire de restaurer la fonction des tissus endommagés, offrant des opportunités majeures pour des études fondamentales sur l'organogenèse, la régénération, les maladies et le vieillissement. Malgré d'intenses recherches dans ce domaine, de nombreuses questions restent sans réponse concernant la régulation et la fonction des cellules souches. Le MOOC Advances in Stem Cell Biology a été créé pour fournir un aperçu de la biologie des cellules souches, des propriétés des cellules souches et de leur potentiel pour diriger l'organogenèse et la régénération dans différents organismes, et la manière dont elles peuvent être exploitées à des fins thérapeutiques. Au cours de ce MOOC, vous découvrirez les caractéristiques et les propriétés des cellules souches, ainsi que les dernières découvertes dans le domaine, des concepts généraux aux différentes catégories de cellules souches, et de quelle façon elles participent à l'organogenèse dans l'organisme - et in vitro.

Emerging and re-emerging viruses

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About this MOOC/ À propos de ce MOOCEmerging and re-emerging viruses are key players among the different pathogens that have caused recent epidemics, as attested by several severe outbreaks affecting humans such as Ebola, chikungunya, influenza, Zika, dengue, SARS and MERS or outbreaks affecting animals such as rabies and bluetongue disease. This MOOC aims to provide a fundamental knowledge about the different viruses that are involved in viral emergence and describes the associated molecular mechanisms and conditions that drive their emergence. Those range from mutations to climate change, the impact of urbanization to alterations in human behaviour. Special attention will be given to the global “One Health” approach. The MOOC will also provide basic insights on viral epidemiology and outbreak modelling as well as on detection, early management and infection control mechanisms. It will focus on the scientific and medical measures to prevent and counteract the emergence or re-emergence of viruses, but it will also envision the response of governments and agencies such as the World Health Organization (WHO) to encounter the worldwide viral dissemination. The MOOC is built up on the profound expertise from international experts in the field of emerging and re-emerging viruses and takes advantage of the worldwide Institut Pasteur Network. Les virus émergents, et ré-émergents constituent un élément majeur parmi les différents agents pathogènes responsables d’épidémies récentes, comme en témoignent les nombreux épisodes récents d’Ebola, chikungunya, grippe, Zika, dengue, SARS ou MERS, ainsi que les épisodes affectant les animaux tels la rage ou la fièvre catarrhale ovine. Le présent MOOC présente les différents virus impliqués dans l’émergence virale, et décrit les mécanismes moléculaires et conditions responsables d’une telle émergence. Ceux-ci s’étendent tant à l’apparition de mutations qu’aux conséquences des changements climatiques, jusqu’à l’impact de l’urbanisation et des changements d’activités et de comportements humains. Une mention spéciale sera faite sur l’approche “Santé Globale” (“One Health”). Ce MOOC fournira également des bases d’épidémiologie virale et de modélisation des épidémies, ainsi que sur la détection, les mesures sanitaires précoces et les mécanismes de contrôle des épidémies. Il portera également sur les stratégies scientifiques et médicales pour prévenir et lutter contre l’émergence virale, et apportera une vision sur la réponse des gouvernements et agences internationales, telle l’Organisation Mondiale de la Santé (O.M.S.), pour contrer et maîtriser les épidémies. Ce MOOC s’appuie sur l’expérience reconnue d’experts internationaux dans le domaine et les activités du Réseau International des Instituts Pasteur.

Human Population and Evolutionary Genetics

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About this MOOC/ À propos de ce MOOC Almost two decades after the sequencing of the human genome, a deluge of population genomic data has been generated, depicting human genetic diversity at an unprecedented level of resolution. International efforts such as the 1,000 Genomes Project, the Exome Aggregation Consortium or the UK Biobank are providing invaluable resources for understanding the genetic architecture of human diseases and traits. These data have also helped to increase our understanding of the demographic history of our species, including how modern human populations have dispersed around the globe, how population sizes have changed over time and the extent to which they have admixed. Of particular interest over the past few years has been the knowledge we have gained through ancient DNA studies, which have shown that archaic hominins, such as Neanderthals and Denisovans, contributed to the genomes of modern non-African populations. This genetic legacy has been, in some cases, beneficial for the survival of the early modern humans leaving the African continent. Population genetic studies have also brought new insights into how natural selection, in its different forms, has shaped the patterns of diversity of the human genome at the population scale. Specifically, we have learnt about the mechanisms by which deleterious variants are removed from the population and how the demographic history of a population may affect the efficiency of natural selection to purge deleterious alleles. Genomic studies have also shed new light on how humans have adapted to the broad range of environments they occupy. Indeed, during their dispersals across the globe, humans encountered a highly diverse set of climatic, nutritional, and pathogenic conditions, to which they had to adapt. In this context, the detection of molecular signatures of past selection in the human genome has proved crucial for the identification of genes underlying the morphological and physiological diversity observed across human populations, and for increasing our understanding of the genetic architecture of adaptive traits. This course aims to provide a basic fundamental knowledge of population and evolutionary genetics applied to humans, and illustrates this field with multiple research examples. We will describe the main drivers of our genetic diversity, including mutation, recombination, genetic drift and natural selection. Furthermore, we will explain how different approaches in population genetics can shed new light onto the demographic history of our species, our dispersals around the world, the occurrence and intensity of admixture with archaic humans and between modern human populations, and genetic adaptation to environmental changes.Presque vingt ans après le séquençage du génome humain, une multitude de données génomiques a permis de décrire la diversité génétique humaine à un niveau de résolution sans précédent. Des projets internationaux tels que le Projet 1000 Génomes, le Consortium Exome Aggregation, ou UK Biobank ont fourni des informations cruciales pour comprendre l’architecture génétique des maladies et phénotypes de l’homme. Ces données massives ont également amélioré notre compréhension de la démographie de notre espèce, incluant en particulier comment les populations humaines se sont dispersées autour du globe, comment leur taille a changé au cours du temps, et à quel point elles se sont métissées. Notre compréhension a largement profité de plusieurs études basées sur l’ADN ancien, qui ont démontré que les Néanderthaliens et Dénisoviens, des homininés maintenant disparus, ont contribué au génome des populations non-africaines d’homme moderne. Cet héritage génétique a pu faciliter, dans certains cas, la survie de l’homme alors qu’il quittait le continent Africain. La génétique des populations a également permis de mieux comprendre comment la sélection naturelle, dans toutes ses formes, a contribué à la diversité du génome humain à l’échelle des populations. En particulier, nous comprenons mieux comment les variants génétiques délétères sont éliminés de la population et comment l’histoire démographique d’une population peut affecter l’efficacité de ce phénomène. Les études génomiques ont également permis de mettre en lumière la capacité des humains à s’adapter à la grande diversité d’environnements qu’ils ont occupés. Durant leur dispersion à travers le globe, les humains ont rencontré des conditions climatiques, nutritionnelles et microbiologiques extrêmement diverses auxquelles ils ont dû s’adapter. Dans ce contexte, la détection des signatures moléculaires de la sélection naturelle dans le génome humain a été fondamentale pour l’identification des gènes à l’origine de la diversité morphologique et physiologique observée entre populations humaines actuelles, et pour notre compréhension de l’architecture génétique des phénotypes adaptatifs. L’objectif de ce MOOC est de donner les bases fondamentales de la génétique des populations appliquée à notre espèce, et de l’illustrer par de nombreux exemples provenant de la recherche. Nous décrirons les différents facteurs qui déterminent notre diversité génétique, incluant la mutation, la recombinaison, la dérive génétique, et la sélection naturelle. Nous expliquerons en outre comment l’application de différentes approches en génétique des populations peut éclairer d’un nouveau jour l’histoire démographique de notre espèce, notre dispersion à travers le monde entier, le métissage entre les populations archaïques et les populations modernes et notre adaptation génétique aux changements environnementaux. Language/Langue This MOOC is taught in english. Videos are subtitled in french and english/Ce MOOC est en anglais. Les vidéos sont sous-titrées en français et en anglais. Enrollement types/formules d'inscription You may register to this MOOC in two ways:Discovery path. You get access to all video-sessions, post session quiz, and web-forum. The MOOC provides good knowledge of populations genetics, and of the evolution of humans since the very beginning. Qualifying path. In addition to video-sessions, post session quiz and web-forum, you have access to quiz after each of the chapters and at the end of the MOOC, and to three hangouts along the MOOC, to a summary session by the directors of the course and to a final individual online evaluation under surveillance. Success at this final examination will provide you with a certificate signed by FUN and by Institut Pasteur. The cost of the qualifying course is 150€. Before registering to the qualifying path make sure that your scientific background is sufficient enough and correspond at least to a bachelor of live sciences. Pour suivre ce cours, vous avez le choix entre deux formulesFormule découverte Si vous optez pour cette formule, vous aurez accès aux vidéos du cours, aux QCMs après chaque session, et aux échanges dans le Forum. A l’issue de la formule Découverte vous aurez acquis des connaissances approfondies sur la Génétique des populations et l’évolution humaine depuis son apparition.Formule Qualifiante. Si vous optez pour cette formule, vous aurez, en plus des activités proposées dans la formule Découverte, un quiz à la fin de chaque chapitre et à la fin du MOOC, trois hangouts au cours de la diffusion du MOOC, une vidéo de conclusion à la fin de la période de diffusion, et un examen individuel final surveillé à distance. Le succès à l’examen vous permettra d’obtenir un certificat délivré par FUN et par l’Institut Pasteur. Le prix de l’inscription à la formule Qualifiante est de 150€. Pour vous inscrire à la formule qualifiante, et donc être capable de suivre la totalité des sessions, de participer efficacement aux discussions des hangouts et de réussir l’examen final, vous devrez absolument avoir un niveau scientifique suffisant correspondant au moins à une licence en sciences de la vie. Format/Format This MOOC is organized in 4 chapters of 5 to 8 sessions each. Each session includes a 6 to 10-minute video and 2 multiple choice questions to help you test your understanding. There are 10 to 16 multiple choice questions at the end of each chapter, followed by final evaluation and a certification exam.The videos are in English, subtitled in English and French. Le MOOC est divisé en 4 chapitres de 5 à 8 sessions. Chaque session comporte une vidéo de 8 à 10 minutes en moyenne et de 2 questions à choix multiple pour tester votre compréhension de la session. A la fin de chaque chapitre, 10 à 16 questions à choix multiple vous seront posées, suivies d’une évaluation finale et d’un examen de certification. Les videos sont en anglais, sous-titrées en anglais et en français. Targeted audience/ Public ciblé This MOOC is aimed at anybody who wishes to learn more about Population genetics and human evolution. It is of particular interest for students working in the field of biomedical sciences, genomics and anthropology. /Ce MOOC est destiné à toute personne souhaitant approfondir ses connaissances en génétique des populations et sur l’évolution de l’homme. Il est d’un intérêt particulier pour les étudiants travaillant dans le domaine des sciences biomédicales, de la génomique et de l’anthropologie. Prerequisite/ Prérequis We recommend a good scientific background (such as a bachelor of live science)./ Une formation scientifique de type licence en Sciences de la Vie est recommandée. MOOC directors/ Directeurs du MOOC Lluis Quintana-Murci Lluis Quintana-Murci received his BSc in Biology at the University of Barcelona (Spain), and his Ph.D. in Population Genetics at the University of Pavia (Italy). He heads the Unit of Human Evolutionary Genetics at Institut Pasteur since 2007. He is a human population geneticist whose research focuses on the use of genomic data to infer the past demographic history of human populations and to dissect the different forms in which natural selection can act on the human genome. His team is especially interested in exploring the extent to which pathogens have exerted pressures on innate immunity genes. Over the last years, his team has also adopted a systems immunology approach to understand the different factors (genetic, epigenetic, environmental, etc.) that drive immune response variation between individuals and populations. Lluis Quintan-Murci is professor at College de France. Lluis Quintana-Murci a obtenu sa licence en biologie à l’Université de Barcelone (Espagne) et sa thèse de Sciences à l’Université de Pavie (Italie). Il dirige l’Unité de Génétique de l’Evolution Humaine à l’Institut Pasteur depuis 2007. Il est généticien des populations. Ses recherches sont orientées sur l’utilisation de la génomique pour reconstituer l’histoire démographique des populations humaines dans le passé et pour appréhender les différents moyens avec lesquels la sélection naturelle peut agir sur notre génome. Son équipe s’intéresse particulièrement à déterminer quelles pressions ont exercées les pathogènes sur les gènes participant à notre réponse immunitaire innée. Ces dernières années, l’équipe de Lluis Quintana-Murci a utilisé une approche d’immunologie systémique pour comprendre comment les différents mécanismes (génétiques, épigénétiques, environnementaux…) ont déterminé les variations de réponse immunitaire entre les individus et les populations. Lluis Quintana-Murci est professeur au collège de France. Etienne Patin Etienne Patin received his MSc in Biology and Genetics and his PhD in Population Genetics at the University Paris VII (France). After a postdoctoral training in epidemiological genetics at the Necker Hospital (France), he joined Institut Pasteur as a CNRS Research Scientist. He is a population geneticist whose main interests range from the study of past human demography, with a focus on Africa, to the methodological aspects of demographic inference, and, more recently, systems immunology. One of his main research interests is the occurrence and extent of admixture between modern human populations and its potential adaptive nature. Etienne Patin a obtenu son master en génétique et sa thèse à l’Université Paris-Diderot en France. Après avoir effectué un postdoc en épidémiologie génétique à l’Hôpital Necker à Paris, il a rejoint l’Institut Pasteur comme chercheur au CNRS. C’est un généticien des populations dont les travaux s’étendent de l’étude de l’histoire démographique humaine, en particulier en Afrique, aux aspects méthodologiques de l’inférence en démographie, et, plus récemment à l’immunologie systémique. L’un de ses principaux thèmes de recherche est l’importance du métissage entre les populations humaines modernes et de son rôle dans l’adaptation génétique de l’homme. With the participation of / Avec la participation de Guillaume Achaz (Muséum National d’Histoire Naturelle), Céline Bon (Muséum National d’Histoire Naturelle), Samantha Brunel (Institut Jacques Monod), Raphaëlle Chaix (Muséum National d’Histoire Naturelle), Marie Lopez (Institut Pasteur), Javier Mendoza Revilla (Institut Pasteur), Mary O’Neill (Institut Pasteur),Ludovic Orlando (Université Toulouse 3), François-Xavier Ricaut (Université Toulouse 3),Maxime Rotival (Institut Pasteur), Laure Ségurel (Muséum National d’Histoire Naturelle), Paul Verdu (Muséum National d’Histoire Naturelle), Tamara Gill-Vernick (Institut Pasteur) Course syllabus /plan du cours Chapter 1 – Human genome diversity and population genetics/ Diversité du génome humain et génétique des populations - Diversity of the human genome/Diversité du génome humain - Public databases of population genetic variation/Bases de données de variations génétiques des populations - Public engagement and return to populations/Engagement public et retour aux populations - Causes of genetic diversity: mutation and recombination/Facteurs déterminant la diversité génétique: mutation et recombinaison - Factors driving genetic diversity: genetic drift/ Facteurs déterminant la diversité génétique : dérive génétique - Factors driving genetic diversity: natural selection/ Facteurs déterminant la diversité génétique : sélection naturelle Chapter 2 – The demographic history of human populations/L’histoire démographique des populations humaines Diversité du génome humain et génétique des populations - Methods of demographic inference/Méthodes d’inférence démographique - Population splits and admixture among humans/Séparations et métissages des populations humaines - The genetic history of the African continent/Histoire génétique du continent Africain - The genetic history of the European continent/Histoire génétique du continent Européen - The genetic history of Asia, Australia and Oceania/Histoire génétique de l’Asie, l’Australie et l’Océanie - The genetic history of the Americas/Histoire génétique des Amériques - The use of pathogens as markers of human migrations/L’utilisation de pathogènes comme marqueurs des migrations humaines - Inferring cultural practices through genetics/Inférence des pratiques culturelles à travers la génétique. Chapter 3 – The adaptive history of human populations/Histoire de l’adaptation des populations humaines - Diversity of the human genome/Diversité du génome humain - Methods to detect natural selection/Méthodes de détection de la sélection naturelle - The effects of purifying selection in the genome and populations/Les effets de la sélection purificatrice sur le génome des populations humaines - Adaptation to nutritional resources/Adaptation aux ressources nutritionnelles - Adaptation to climate and extreme conditions/Adaptation au climat et aux conditions extrêmes - Adaptation to pathogens and infectious diseases/Adaptation aux agents pathogènes et aux maladies infectieuses - Alternative models of adaptation/Les modèles alternatifs de l’adaptation Chapter 4 – The contribution of ancient DNA studies to human evolution/Contribution de l’étude de l’ancien ADN à l’évolution humaine - Methods in ancient genomics/Méthodes en paléogénomique - The archaic hominins and admixture with modern humans/Les homininés archaïques et leur métissage avec les humains modernes - Recent history through the lens of ancient DNA/Histoire récente à travers la loupe de l’ADN ancien - The phenotypic legacy of archaic admixture/L’héritage phénotypique du métissage archaïque - The adaptive nature of archaic introgression/La nature adaptative de l’introgression archaïque Social media / Réseaux sociauxTwitter MOOC PasteurFrequently Asked Questions What web browser should I use? The Open edX platform works best with current versions of Chrome, Firefox or Safari, or with Internet Explorer version 9 and above. See our list of supported browsers for the most up-to-date information. Conditions d'utilisation / Terms of use Conditions d’utilisation du contenu du cours / Terms of use of the course Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification Cette licence est la plus restrictive des six licences principales, n’autorisant les autres qu’à télécharger vos œuvres et à les partager tant qu’on vous crédite en citant votre nom, mais on ne peut les modifier de quelque façon que ce soit ni les utiliser à des fins commerciales. BY-NC-ND Creative Commons License: users have to mention the writer’s name, they can tap that work except in a trade context, and they can not change the original work. Conditions d’utilisation des contenus produits par les participants / Terms of use of the content produced by the students Droits réservés / All rights reserved Licence restrictive : la production relève de la propriété intellectuelle de son auteur et ne peut donc pas être réutilisée. Restrictive License: your own production comes under intellectual property and thus can not be reused. This MOOC was created by the Education Department of the Institut Pasteur. . This MOOC was realized with the support of the Fondation IPSEN, under the eagis of Fondation de France. .

Medical Entomology

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About the course / À propos du coursWhich mosquitoes transmit the parasites responsible for malaria? Is the Asian tiger mosquito vector of the Zika virus? How is the transmission from vectors to humans and from humans to vector? Here are some of the questions that will find answers in the MOOC Pasteur "Medical entomology". About 25% of annual deaths worldwide are related to infectious diseases and 23% of them are directly related to vector-borne diseases. Vector-borne diseases have a zoonotic origin meaning that the pathogen is transmitted from animals to humans. Pathogens such as bacteria, parasites and viruses are primarily maintained within an enzootic cycle between populations of non-human primates or other mammals and zoophilic vectors. This “wild” cycle sometimes spills over with infections of humans and domestic animals. Lifestyle changes, incursions by humans into natural habitats, and changes in agropastoral practices create opportunities that make the borders between wildlife and humans more permeable. Some vector-borne diseases have dispensed with the need for amplification in wild or domestic animals before being transmitted to humans. The design of control strategies for vector-borne diseases should be guided by research in emergence mechanisms in order to understand how a wild cycle can produce a pathogen that goes on to cause devastating urban epidemics. The MOOC “Medical entomology” aims at providing the understanding in medical and veterinary entomology at the university level. It will teach the role of vectors in the functioning of ecosystems and, in a lot of cases, how to interrupt the vector transmission chain. It is organized from an entomological perspective, with each session devoted to a particular taxonomic group of insects and ticks.Quels moustiques transmettent les parasites responsables du paludisme ? Le moustique tigre est-il vecteur du virus Zika ? Comment s’effectue la transmission de l’insecte vecteur à l’homme et de l’homme au vecteur ? Voici quelques-unes des interrogations qui trouveront des réponses dans ce MOOC Pasteur « Medical entomology ». Chaque année, 25% des mortalités dans le monde sont liées aux maladies infectieuses et 23% d’entre elles sont en lien direct avec les maladies à transmission vectorielle. Les maladies à transmission vectorielle sont avant tout des zoonoses, qui sont des maladies transmises à l’homme par l’animal. Les agents pathogènes tels que les bactéries, parasites et virus sont originellement entretenus au sein d’un cycle enzootique. Des débordements de ce cycle « sauvage » sont constatés par la mise en évidence d’infections occasionnelles chez l’homme et les animaux domestiques. L’évolution des modes de vie, les incursions de l’homme dans les habitats naturels, le bouleversement de certaines pratiques agropastorales créent autant d’occasions qui rendent plus perméables les frontières entre la vie sauvage et l’homme. Enfin, certaines maladies à transmission vectorielle se sont affranchies de la nécessité d’être amplifiées chez l’animal sauvage ou domestique avant d’assurer une transmission à l’homme. L’élaboration des stratégies de lutte contre les maladies à transmission vectorielle doit s’inspirer des recherches sur les mécanismes d’émergence pour comprendre comment à partir d’un cycle « sauvage », un agent pathogène devient responsable d’épidémies urbaines dévastatrices. Ce MOOC s’adresse à toute personne s’intéressant aux maladies dont les agents pathogènes sont transmis par vecteurs, telles que le paludisme, la dengue, la maladie de Lyme, la maladie de Chagas. Il offre un panorama des principaux vecteurs (moustiques, tiques et autres arthropodes hématophages) et des maladies humaines qui y sont associées, puis présente les avancés scientifiques permettant une meilleure lutte contre les vecteurs de ces maladies. Format / FormatThis MOOC is organized in 6 weeks of 3-6 sequences. Each sequence is composed of a 10 minutes video and a multiple choice test to help students check their understanding. The videos are in English, subtitled in French and English. All the tests are in English. The MOOC students are invited to actively interact with the teaching team and the other students through the forum and during live stream hangouts.Ce MOOC est organisé en 6 semaines, chaque semaine proposant 3-6 séquences. Chaque séquence est composée d'une vidéo de 10 minutes et d'un test à choix multiples pour aider les étudiants à valider leur compréhension. Les vidéos sont en anglais sous-titrées en français et en anglais. Les quiz sont en anglais. Les étudiants du MOOC sont invités à interagir avec l'équipe pédagogique et les autres étudiants lors de forum et de hangouts en direct.

Resistance to antibacterial agents

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About the course // À propos du cours In 2016, the "review on antimicrobial resistance", chaired by Jim O'Neill, estimated that without action, in 2050, 10 million people a year could die from drug-resistant infections. While this figure is hypothetical, the current situation led WHO to classify the emergence and spread of antibacterial agents as an "increasingly serious threat to global public health that requires action across all government sectors and society." The MOOC "Resistance to antibacterial agents" addresses the major public health problem: of the emergence of multidrug-resistant bacteria isolates, which are responsible for an increase in the morbidity and mortality of a wide range of infections caused by bacteria. In this course, we intend to provide basic knowledge regarding resistance to antibacterial agents. We address key questions in the field. This MOOC will first present different antibacterial agents and their use for animals and humans. It will describe the current epidemiological landscape of antibiotic resistance across the globe and explain how the resistance is detected in the medical laboratories. The MOOC will then present the origins of antibiotic resistance and its mechanisms of dissemination, before proposing different approaches to control its spread. Finally, this MOOC will highlight the alternatives to antibiotics, the most current molecules in use, and ongoing novel molecule development.En 2016, l'étude sur la résistance aux antimicrobiens, conduite par un comité présidé par Jim O'Neill, estimait qu'en l'absence de mesures, en 2050, 10 millions de personnes pourraient mourir chaque année d'une infection résistante aux antibiotiques. Même si ce chiffre n'est qu'une hypothèse, cette situation a conduit l'OMS à déclarer que l'émergence et la dissémination de bactéries résistantes aux agents antibactériens constituaient " une menace croissante pour la santé publique dans le monde, nécessitant de prendre des mesures dans tous les secteurs et à l'échelle de la société tout entière." Le MOOC "Résistance aux agents antibactériens" s'attaque au problème majeur de santé publique que représente l'émergence de bactéries multi-résistantes, responsables d'une augmentation de la morbidité et de la mortalité d'un large éventail d'infections bactériennes. Ce MOOC vise à fournir les connaissances de base sur la résistance aux agents antibactériens et à répondre à des questions clefs sur le terrain. Il présente d'abord les agents antibactériens et leur utilisation chez l'homme et chez l'animal. Il décrit ensuite la situation épidémiologique actuelle de la résistance aux antibiotiques dans le monde et explique comment cette résistance est détectée en laboratoire. Puis, il décrit les origines de la résistance aux antibiotiques et ses mécanismes de dissémination, avant de proposer des concepts pour la maîtriser. Enfin, ce MOOC essaie de mettre en lumière les alternatives aux antibiotiques, les dernières molécules disponibles et les molécules en cours de développement. Enrollement types // Formules d'inscription To follow this course, you have the choice between two formulas. The DISCOVERY path gives you access to videos, quizzes and exchanges in the forum. Additionnaly, the QUALIFYING path gives you access to a qualifying exam. Pour suivre ce cours, vous avez le choix entre deux formules. Le parcours DECOUVERTE vous donne accès aux vidéos, quiz et échanges sur le forum. De plus, le parcours QUALIFIANT vous donne accès à un examen certifiant. Discovery pathIf you opt for this path, you will have access to the videos, the quizzes and the exchanges in the forum. For this path, no certificate will be delivered. The registration is free. Qualifying path In addition to the activities offered in the DISCOVERY path, the QUALIFYING formula will allow you to obtain a certificate in the form of a "certificate". To do this, you will have to take a exam, monitored remotely, lasting 1 hour, consisting of 30 multiple choice questions (MCQ) and obtaining 18 correct answers. The registration fee for the qualifying course is 150€. Obtaining a qualifying certification is an opportunity for you to obtain a diploma. This course is one of the MOOCs of the Institut Pasteur's Digital Diploma in Infectious Diseases program (DNM2IP). For more information, see the Institut Pasteur web page, dedicated to this new diploma. Parcours DécouverteSi vous optez pour ce parcours, vous aurez accès aux vidéos, aux quiz et aux échanges dans le forum. Ce parcours ne donnera pas lieu à la délivrance d'une attestation. L'inscription est gratuite. Parcours Qualifiant En complément des activités proposées dans le parcours DECOUVERTE, le parcours QUALIFIANT vous permettra d'obtenir un certificat. Pour cela, vous devrez suivre un examen surveillé à distance d’une durée d'une heure, consistant en 30 questions à choix multiples (QCM) et d'obtenir 18 bonnes réponses. Le prix de l’inscription au parcours qualifiant est de 150€. Obtenir une certification qualifiante est une opportunité pour vous d'obtenir un diplôme. En effet, ce cours est un des MOOCs du programme du Diplôme Numérique des Maladies Infectieuses de l'Institut Pasteur (DNM2IP). Pour en savoir plus, consultez la page web de l'Institut Pasteur, dédiée à ce nouveau diplôme. Certificate and attestation of follow-up // Certificat et attestation de suivi Please note, only the "Qualifying" path gives the right to a qualifying certification issued by Fun and the Institut Pasteur. There will be no certificate of follow-up, neither for the "Discovery" path, nor for the "Qualifying" path. Attention, seul le parcours "Qualifiant" donne droit à une certification qualifiante délivrée par Fun et l'institut Pasteur. Par ailleurs, il n'y aura pas d'attestation de suivi, ni pour le parcours "Découverte", ni pour le parcours "Qualifiant". Format // Format The MOOC is organized in 6 weeks. Each week is composed of 4 to 5 sections. Each section includes an 8-to-10-minute video and 2 multiple-choice questions to help participants test their acquired knowledge. The videos are in English, with French and English subtitles. A certification exam (in English or in French) is acccessible only for students registered to the "qualifying path". Le MOOC est organisé en six chapitres d'une semaine, chacune comportant de 4 à 5 sessions. Chaque session est suivie de deux QCM, permettant aux apprenants de tester leur compréhension. Les vidéos sont en anglais, avec des sous-titres en anglais et en français. Un examen de certification (en français ou en anglais) est proposé aux étudiants inscrits au parcours qualifiant.. Requirements // Prérequis This MOOC is aimed at undergraduate, graduate and PhD biology students, medical doctors, teachers, researchers and all those who want to learn how antibacterial agents work and how resistant strains have emerged and disseminated. A good scientific background is recommended to follow this MOOC. Ce MOOC est destiné aux étudiants de biologie, du premier cycle à la thèse, aux médecins, aux enseignants, aux chercheurs, et plus généralement à tous ceux qui s'intéressent à la résistance aux agents antibactériens et qui veulent comprendre comment ces souches de bactéries résistantes sont apparues et se sont disséminées. Un bon bagage scientifique est recommandé pour suivre ce MOOC (niveau licence). Teaching team // Équipe enseignante Prof. Béatrice BERÇOT Béatrice Berçot is head of the Clinical Bacteriology Laboratory of the St Louis Hospital, Paris. She is also bacteriologist, professor and member of the Team "Infection, Antimicrobials Modelling Evolution" (IAME), at Paris-Diderot University. Béatrice Berçot est directrice du Laboratoire de Bactériologie Clinique de l'hôpital St Louis, à Paris. Professeure et bactériologiste, elle est également membre de l'équipe "Infection, Evolution de la modélisation microbienne" de l'Université Paris-Diderot. Prof. Didier MAZEL Didier Mazel is professor at the Institut Pasteur. Trained as a bacterial geneticist, he works on the integron genetic system for 25 years. These genetic elements are a major player in the antibiotic resistance spread among Gram negative pathogens. His group has made numerous contributions on the molecular mechanisms and the dynamics of gene capture in integrons, in the context of the antibiotic resistance development. Didier Mazel est professeur à l'Institut Pasteur. Formé en tant que généticien bactérien, il travaille sur le système génétique des intégrons depuis 25 ans. Ces éléments génétiques sont un acteur majeur de la propagation de la résistance aux antibiotiques chez les pathogènes Gram négatifs. Son groupe a apporté de nombreuses contributions sur les mécanismes moléculaires et la dynamique de la capture de gènes dans les intégrons, dans le cadre du développement de la résistance aux antibiotiques. Prof. Patrick TRIEU-CUOT Patrick Trieu-Cuot is the head of the "Biology of Gram-positive pathogens" Research Unit. The general theme of the unit relates to the identification and characterization of the molecular bases of the pathogenicity of Gram-positive bacteria at low GC%. The study models are focused on two opportunistic pathogenic bacteria for humans: Staphylococcus aureus and Streptococcus agalactiae. Patrick is also director of the "Bacterial resistance to antibiotics" course at the Institut Pasteur. Patrick Trieu-Cuot est directeur de l'Unité de Biologie des Bactéries Pathogènes à Gram-Positif. La thématique générale de l’Unité porte sur l’identification et la caractérisation des bases moléculaires de la pathogénicité des bactéries à Gram-positif à bas GC%. Les modèles d’étude portent sur deux bactéries pathogènes opportunistes pour l’homme: Staphylococcus aureus et Streptococcus agalactiae. Patrick est également directeur du cours "Résistance bactérienne aux antibiotiques" de l'Institut Pasteur.Terry Brissac, community manager Trained as a general microbiologist, my research interest focuses on the interactions between bacteria and their hosts. I worked during my Ph.D. on the evolution of the association between Mollusks and sulfur-oxidizing bacteria. I then transitioned from environmental to medical microbiology and studied during my post-doctoral experiences the molecular bases of the pathogenic potential of Neisseria meningitidis, Francisella tularensis and Streptococcus pneumoniae. I am working now in the Biology of Gram-positive pathogen unit at the Pasteur Institute investigating the intracellular virulence of Group B streptococcus during the switch from colonizing commensal to invasive pathogen. Au cours de mes travaux de recherche je me suis consacré à l’étude des interactions hôte/bactéries. J’ai caractérisé au cours de ma thèse l’association entre des bactéries sulfo-oxydantes et leurs hôtes mollusques. Dans un second temps, je me suis orienté vers l’étude des bactéries pathogènes opportunistes de l’homme, en me focalisant sur les mécanismes moléculaires permettant à ces dernières de devenir pathogènes. J’ai ainsi étudié les bases moléculaires de la virulence de Neisseria meningitidis, Francisella tulanresis et Streptococcus pneumoniae. Je travaille actuellement au sein de l’unité Biologie des Bactéries pathogènes à Gram-positif ou j’étudie les mécanismes associés à la virulence intracellulaire du Streptocoque de Groupe B. With the participation of // Avec la participation de Antoine Andremont (Faculté de Médecine Paris-Diderot), Laurence Armand (Faculté de Médecine Paris-Diderot), Eric Bacqué (SANOFI), David Bikard (Institut Pasteur), Mélanie Colomb-Cotinat (Santé Publique France), Laurent Debarbieux (Institut Pasteur), Nicolas Fortané (INRA), Philippe Glaser (Institut Pasteur), Bich-Tram Huynh (Institut Pasteur), Xavier Lescure (Faculté de Médecine Paris-Diderot), Jean-Christophe Lucet (Faculté de Médecine Paris-Diderot), Jean-Yves Madec (ANSES), Jean-Luc Mainardi (Faculté de Médecine Paris-Descartes), Thierry Naas (Faculté de Médecine Paris-Sud), Marie-Cécile Ploy (Faculté de Médecine de Limoges), Claire Poyart (Faculté de Médecine Paris-Descartes), Asmaa Tazi (Faculté de Médecine Paris-Descartes) Course syllabus // Plan du cours Week 1: Antibacterial agents / Semaine 1 : Agents antibactériens Mode of action / Mode d'action Origin and biosynthesis / Origine et biosynthèse Impact on Human Health / Impact sur la santé humaine Antibiotherapy / Antibiothérapie Veterinary use / Utilisation vétérinaire Week 2: Emergence of resistant bacteria / Semaine 2 : Emergence des bactéries résistantes Resistance Mechanisms / Mécanismes de la résistance Antibacterial resistance in the community and the hospital / Résistance aux antibiotiques dans les hôpitaux Epidemiology of Bacterial Resistance in Europe / Épidémiologie de la résistance bactérienne en Europe Bacterial resistance in low- and middle-income countries countries / Résistance bactérienne dans les pays à revenus faibles et moyens Week 3: Detection of resistant bacteria / Semaine 3 : Détection des bactéries résistantes Phenotypic approaches / Approches phénotypiques Genotypic approaches / Approches génotypiques In silico antibiogram: Genomic approaches / Antibiogrammes in silico: approches génomiques Automated approaches / Automatisation des procédures Week 4: Origin of antibiotic resistance and dissemination /Semaine 4 : Origine et dissémination de la résistance aux antibiotiques Natural versus Acquired Resistance / Résistance naturelle et acquise Origin of resistance genes / Origine des gènes de la résistance Role of the environment / Rôle de l'environnement Transferability of resistance genes / Transférabilité des gènes de la résistance Evolution of bacterial populations / Évolution des populations bactériennes Week 5: Controlling the emergence and spread of bacterial resistance / Semaine 5 : Contrôle de la survenue et de la diffusion de la résistance bactérienne Consumption and Inappropriate use of antibiotics / Consommation et utilisation inappropriée des antibiotiques Antibiotics stewardship / Gestion de l'utilisation des antibiotiques Mastering resistance in hospitals / Contrôle de la résistance en milieu hospitalier Economic cost of ABR / Coût économique de la résistance aux antibiotiques Social consequences of bacterial resistance / Conséquences sociales de la résistance bactérienne Week 6: New antibiotics and alternatives to antibiotics /Semaine 6 : Nouveaux antibiotiques et traitements alternatifs Revisiting "old" molecules / Nouvelles utilisations de molécules anciennes New targets : from leads to candidate / Les nouvelles cibles Anti-virulence Strategies / Stratégie anti virulence Phagotherapy / Phagothérapie CRISPR tools to study and fight antibiotic resistance / L'utilisation de CRISPR pour étudier et combattre la résistance aux antibiotiques This MOOC was created by the Education Department of the Institut Pasteur. This MOOC was created in collaboration with the Université Paris-Diderot. This MOOC was realized with the support of the Fondation IPSEN, under the aegis of Fondation de France. Social media Rejoignez le MOOC sur les réseaux sociauxhttps://twitter.com/PasteurEduConditions d'utilisation / Terms of use Conditions d’utilisation du contenu du cours / Terms of use of the course Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification Cette licence est la plus restrictive des six licences principales, n’autorisant les autres qu’à télécharger vos œuvres et à les partager tant qu’on vous crédite en citant votre nom, mais on ne peut les modifier de quelque façon que ce soit ni les utiliser à des fins commerciales. BY-NC-ND Creative Commons License: users have to mention the writer’s name, they can tap that work except in a trade context, and they can not change the original work. Conditions d’utilisation des contenus produits par les participants / Terms of use of the content produced by the students Droits réservés / All rights reserved Licence restrictive : la production relève de la propriété intellectuelle de son auteur et ne peut donc pas être réutilisée. Restrictive License: your own production comes under intellectual property and thus can not be reused. Frequently Asked Questions Targeted audience /A qui s’adresse ce MOOC ? This MOOC is aimed at medical doctors, researchers, biology students and more generally at a public with a scientific background.Ce MOOC s’adresse aux médecins, aux chercheurs, aux étudiants en biologie et plus généralement à un public scientifique large. What web browser should I use? The Open edX platform works best with current versions of Chrome, Firefox or Safari, or with Internet Explorer version 9 and above. See our list of supported browsers for the most up-to-date information. 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