Emerging and re-emerging viruses

About this MOOC/ À propos de ce MOOC

Emerging and re-emerging viruses are key players among the different pathogens that have caused recent epidemics, as attested by several severe outbreaks affecting humans such as Ebola, chikungunya, influenza, Zika, dengue, SARS and MERS or outbreaks affecting animals such as rabies and bluetongue disease.
This MOOC aims to provide a fundamental knowledge about the different viruses that are involved in viral emergence and describes the associated molecular mechanisms and conditions that drive their emergence. Those range from mutations to climate change, the impact of urbanization to alterations in human behaviour.

Special attention will be given to the global “One Health” approach. The MOOC will also provide basic insights on viral epidemiology and outbreak modelling as well as on detection, early management and infection control mechanisms. It will focus on the scientific and medical measures to prevent and counteract the emergence or re-emergence of viruses, but it will also envision the response of governments and agencies such as the World Health Organization (WHO) to encounter the worldwide viral dissemination.
The MOOC is built up on the profound expertise from international experts in the field of emerging and re-emerging viruses and takes advantage of the worldwide Institut Pasteur Network.

Les virus émergents, et ré-émergents constituent un élément majeur parmi les différents agents pathogènes responsables d’épidémies récentes, comme en témoignent les nombreux épisodes récents d’Ebola, chikungunya, grippe, Zika, dengue, SARS ou MERS, ainsi que les épisodes affectant les animaux tels la rage ou la fièvre catarrhale ovine.
Le présent MOOC présente les différents virus impliqués dans l’émergence virale, et décrit les mécanismes moléculaires et conditions responsables d’une telle émergence. Ceux-ci s’étendent tant à l’apparition de mutations qu’aux conséquences des changements climatiques, jusqu’à l’impact de l’urbanisation et des changements d’activités et de comportements humains.

Une mention spéciale sera faite sur l’approche “Santé Globale” (“One Health”). Ce MOOC fournira également des bases d’épidémiologie virale et de modélisation des épidémies, ainsi que sur la détection, les mesures sanitaires précoces et les mécanismes de contrôle des épidémies. Il portera également sur les stratégies scientifiques et médicales pour prévenir et lutter contre l’émergence virale, et apportera une vision sur la réponse des gouvernements et agences internationales, telle l’Organisation Mondiale de la Santé (O.M.S.), pour contrer et maîtriser les épidémies.
Ce MOOC s’appuie sur l’expérience reconnue d’experts internationaux dans le domaine et les activités du Réseau International des Instituts Pasteur.

Course syllabus /plan du cours

Chapter 1 – Introduction/Introduction

• W1-1: General Introduction / Introduction générale (Albert Osterhaus, Amsterdam)
• W1-2: Definition: Emerging and re-emerging /Définitions : émergents et ré-emergents (Antoine Gessain, Institut Pasteur)
• W1-3 : Principles : Vectors, Hosts, Reservoirs… / Principes : vecteurs, hôtes, réservoirs... (Anna-Bella Failloux, Institut Pasteur)
• W1-4: One Health / Santé globale (Hervé Bourhy, Institut Pasteur)

Chapter 2 – Molecular mechanisms that drive viruses to be emerging or re-emerging /Mécanismes moléculaires qui conduisent à l’émergence ou la ré-émergence d’un virus /

• W2-1 : Newly identified viruses /Nouveaux virus identifiés (Marc Eloit, Institut Pasteur)
• W2-2 : Avian Influenza /La grippe aviaire (Jean-Claude Manuguerra, Institut Pasteur)
• W2-3: Previously known viruses that acquired additional virulence traits: Influenza viruses 1 and 2 / Virus précédemment connus qui ont acquis des caractères de virulence supplémentaires: virus grippaux 1 et 2 (Sylvie van der Werf, Institut Pasteur)
• W2-4: Control of the host on the virus Contrôle de l'hôte sur le virus (Carla Saleh, Institut Pasteur)

Chapter 3 – Conditions that favor emergence or re-emergence of viruses/Conditions qui favorisent l’émergence ou la ré-émergence d’un virus

• W3-1: Changes in urbanization, human behavior / Changements dans l'urbanisation, le comportement humain(Pascal Handschumacher UNISTRA)
• W3-2: Changes in Climate, deforestation, Natural disasters Changements climatiques, déforestation, catastrophes naturelles (Joacim Rocklöv (Université d’Umea, Sweden)
• W3-3 : Coronavirus : SARS, MERS-CoV Coronavirus : SARS, MERS-CoV (Luis Enjuanes, Madrid)
• W3-4: Yellow Fever Fièvre jaune (Nolween Jouvenet, Institut Pasteur)
• W3-5: Hantavirus and Lassa Fever Hantavirus et fièvre de Lassa(Noel Tordo, Institut Pasteur)
• W3-6: Human-nonhuman primate contact as a driver of viral emergence Le contact humain-non humain avec les primates comme moteur de l'émergence virale(Tamara Gilles-Vernick)
• W3-7: A 20 year experience of Bluetongue circulation in Europe / Une expérience de 20 ans de la circulation de la fièvre catarrhale du mouton en Europe(Damien Vitour)

Chapter 4 – One health/ Santé globale

• W4-1: Bornavirus diseases /Maladies à Bornavirus (Hilde Angermeier, Institut Pasteur EUPHEM)
• W4-2: Nipah Virus / le virus Nipah (Birgit Nikolai)
• W4-3: Dengue /La Dengue (Marie Flamand, Institut Pasteur)
• W4-4: Rift valley fever /La fièvre de la vallée du Rift (Benjamin Brennan, Glascow)
• W4-5: Crimean-Congo virus / Virus Crimée-Congo (Claudia Filippone, Institut Pasteur Madagascar)
• W4-6: Hepatitis E /L'hépatite E (Nicole Pavio, ANSES Maisons-Alfort)

Chapter 5 : Epidemiology and Modelling / Epidémiologie et modélisations

• W5-1: Phylogeny and viruses/ Phylogénie et virus(Noël Tordo, Institut Pasteur)
• W5-2: Epidemiology of Zika /L'épidémiologie de Zika (Arnaud Fontanet, Institut Pasteur)
• W5-3: Epidemiology of Hepatitis C in Egypt / L'épidémiologie de l'hépatite C en Egypte (Arnaud Fontanet, Institut Pasteur)
• W5-4: Ebola virus outbreak: From the field to the lab /Épidémie de virus Ebola: du terrain au laboratoire(Christophe Peyrefitte, Institut Pasteur Dakar)
• W5-5: Quasispecies and viruses / Quasi-Espèces et virus (Esteban Domingo, Madrid)
• W5-6: Modelling the epidemiology of viral infection / Modélisation de l'épidémiologie de l'infection virale(Simon Cauchemez, Institut Pasteur)

Chapter 6 : Detection, Early management and infection control/Détection, prise en charge et contrôle de l’infection

• W6-1 : Surveillance of vectors / Surveillance des vecteurs(Norbert Becker, Heidelberg)
• W6-2 : Surveillance of viral diseases /Surveillance des maladies virales(Harold Noël, Santé Publique France)
• W6-3 : Molecular epidemiology / Epidémiologie moléculaire(Antoine Gessain, Institut Pasteur)
• W6-4 : CIBU and Arboviruses / CIBU et Arbovirus(Jessica Vanhomwegen, Institut Pasteur)

Chapter 7 : Prevention and response/Prévention et réponse aux virus émergents

• EMV W7-1: Vector control activities /Activités de contrôle des vecteurs (Norbert Becker, Heidelberg)
• W7-2: Bioterrorism lessons from the past and Orthopoxvirus Antiviral strategy approach / Enseignements tirés du bioterrorisme du passé et approche stratégique des antiviraux à orthopoxvirus (Christophe Peyrefitte, Institut Pasteur Dakar)
• W7-3: Preparedness /Préparation (Marie-Paule Kieny, Inserm)
• W7-4: Example: OITF of IP /Un exemple : OITF de l'IP(Eileen Farnon/Amber Kunkel/Jean-Claude Manuguerra)
• W7-5: Public health response: from science to politics /Action de santé publique: de la science à la politique (Didier Houssin, DGS)
• W7-6: Vaccines /Vaccins (Frédéric Tangy, Institut Pasteur)
• W7-7: Therapeutics/ Therapeutique(Etienne Decroly, AFMB Polytech, Luminy)
• W7-8: WHO list of blueprint priority diseases /Liste OMS des maladies prioritaires (Marie-Paule Kieny, WHO)